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As possibilidades são muitas dá mais uns detalhes:
Quando você tenta abrir a pasta não dá nenhuma mensagem?
Qual o seu sistema operacional?
Onde foi gravado este HD externo qual era o sistema operacional, sabe o tipo de formatação?
Foi usado algum sistema de segurança, tipo criptografia de dados?
Verifique a diferença entre o espaço disponível e a capacidade do HD externo corresponde ao tamanho dos seus arquivos? Se não for é porque ele nem reconheceu seu arquivos!

Em primeiro lugar isto muiiito provavelmente é vírus, você deve seguir a recomendação acima que pede para você testar o hd em outro micro, porem, se o virus estiver instalado no seu hd externo, no momento em que conectar no outro pc certifique-se que ele está com anti virus devidamente atualizado e ativo, para não infectar o outro pc, se mesmo assim não der certo faça o seguinte, baixe o Linux Mint e grave ele em um cd usando o Nero de preferência, depois disso ligue a maquina com o CD dentro do driver para iniciar o Live CD, esta opção inicia o linux Mint em seu computador sem instalar ou alterar seus arquivos, depois de iniciado conecte seu HD externo na usb do seu PC e salve seus arquivos em um outro hd externo ou Pen Drive, mande desligar o computador e faça uma formatação completa no seu hd, tem um artigo que fala como formatar o hd e ensina passo a passo.

Site que ensina a formatar HDhttp://formataropc.com/formatar-hd-em-7-passos/

Link para Download do Linux Minthttp://www.linuxmint.com/edition.php?id=131

Artigo que ensina a criar o Live CD do Minthttp://www.techtudo.com.br/dicas-e-tutoriais/noticia/2011/12/como-instalar-o-linux-mint.html

Existe um vírus que se instala nos discos externos, tenta passar este antivírus online da ESET que é um dos melhores:

http://www.eset.com.br/online-scanner

Se não resolver tenta conectar o disco externo em outra maquina, para tirar a duvida se o problema é no PC ou no disco.

Meu sistema operacional é o Windows XPOs arquivos do JHD Externo foram gravados no meu PC atual.
Não existe criptografia.
O espaço de meu HD Externo ainda não foi utilizado 50%.

Atenciosamente.

A.Lage