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Acho que o processo é mais ou menos parecido com esse aqui tb: http://www.techtudo.com.br/dicas-e-tutoriais/noticia/2012/02/aprenda-usar-um-hd-externo-para-guardar-saves-e-jogos-no-xbox-360.html

espero que ajude ;)

Instalei GTA V no meu pen drive e rodou de boa, depois de jogar um tempo, reiniciei o video game, só que quando o video game religou o pen drive nao estava mais sendo reconhecido.

Não sei se é isso que vc quer saber, mas ai vai.
O que quer que você tenha lido provavelmente disse que antes de utilizar o pen drive no Xbox vc deve formata-lo, ou seja apagar todo seu conteúdo. No caso, o texto orienta para que vc copie o conteúdo do seu pen drive para o seu computador para não perder esses arquivos.

No PS3 o formato da memória suportada do pen drive é diferente do PC, por isso vc deve formatar. O mesmo deve ocorrer com o Xbox.