Primeiramente voce tem que especificar qual Distribuiçao GNU/Linux está usando, pois Linux é apenas o nome do componente do sistema que integra Hardware com Software, e nao o sistema em si.

Caso seja o ubuntu (mais comum hoje em dia) o simbolo "$" nao deve ser digitado, esta ali so para mostrar que é um comando do terminal.

abra o aplicativo terminal e digite o seguinte comando:

$ apt-cache search nomedoprograma

isso efetuara uma pesquisa nos aplicativos disponiveis para serem instalados, apos encontrar o programa desejado digite

$ sudo apt-get install nomedoprograma

isso instalara o programa desejado

Caso nao seja um programa do repositorio padrao (fornecido pelos proprios desenvolvedores do sistema) voce deve baixar o instalador executavel, navegar até a pasta onde ele se encontra e executar o comando que da permissao de execução:

$ sudo chmod 777 nomedoarquivo

e depois para executá-lo o comando é:

$ ./nomedoarquivo

existe tambem a possibilidade de compilar um programa do codigo fonte, que ja eh mais complicado, caso deseje mais explicacoes, estude o Guia Foca Linux ( http://www.guiafoca.org/ ) onde podera se aprofundar e descobrir como ficar intimo com o terminal

O universo Open source é um caminha lindo e prezeroso, no inicio as dificuldades aparecem, mas o resultado é compensador, boa sorte!

Tenho um excelente artigo no meu Blog que fala sobre isso, vale a pena conferir:

https://linuxsuper.wordpress.com/2015/08/03/instalar-e-desinstalar-programas-no-linux-ubuntu/

Também aproveite e passe por lá para baixar Grátis um ótimo ebbok de Linux Ubuntu.