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Esses sistemas são mesmo muito complexos.

Os antivírus dão a opção de quarenta para que o vírus possa ser isolado em uma determinada área impossibilitando que o restante do sistema seja infectado. É uma boa opção para quem não conhece direito o que está exculindo, pois muitas vezes ele pode estar agregado a algum item de sistema.

Parece um pouco com a lixeira, mas a função da quarentena é isolar os arquivos infectados ou mesmo suspeitos, depois o antivírus envia para a analise, ou o próprio usuário pode manualmente liberar o arquivo. 

Muitos vírus são detectados pelo comportamento, mas só são excluídos se a assinatura bater com o banco de dados de vírus, enquanto não é confirmado o arquivo é colocado em quarentena.