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Só as linguagens usadas para desenvolver software básico ou antigas, geram arquivos .EXE e .COM que são executados direto pelo sistema operacional, são linguagens como o C++, Delphi(Pascal), Assembly..

As linguagens mais modernas usam uma maquina virtual ou interpretador que realmente executam os programas, são linguagens como o Java, C#, PHP, Phyton, Basic..
Até os aplicativos rodando no Android, IOS, ou Windows Phone usam maquinas virtuais.

Pode parecer ineficiente, mas a grande vantagem de uma maquina virtual é reduzir a complexidade dos programas, imagine ter que tratar dentro de um programa os protocolos de internet, acesso a banco de dados, gerenciar compartilhamentos, servidor de aplicações, segurança..