Os Sistemas de áudio para carro atuais suportam MP3 com ID3 e taxas de 32 até 320 Kbps, as musicas que não estão tocando teriam que ter qualidade muito ruim abaixo de 32 Kbps ou excelente acima de 320 Kbps, se não for este o caso é o MP3 que está corrompido.
Os Players de computador são flexíveis e conseguem tocar MP3 mesmo com problemas.
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Além de divergências dentro do próprio formato MP3 (sendo a musica corrompida ou de uma taxa de bits diferente), como explicado na resposta acima, há também a possibilidade de essas musicas (que não tocam), estarem em um outro formato, como wav ou mp4. Como dito, os leitores de computador são muito mais flexíveis, entquanto os leitores de periféricos de audio geralmente reconhecem mp3 e wma. Se estiver em mp4, por exemplo, talvez não leia. Verifique qual é o formato da musica que não toca. Se for mp3, use a informação acima, se for de outro formamto, procure um programa que converta para mp3.