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Você está comparando duas coisas distintas. O SGBD é focado no armazenamento de informação. Apesar de um aquivo ser um pedaço de informação, não há nenhuma organização e relação nos arquivos com excessão da organização em pastas. Já o SGBD você organiza as informações utilizando um modelo de banco de dados, por exemplo, o de entidade relacionamento:

https://pt.wikipedia.org/wiki/Modelo_entidade_relacionamento

Além da organização estruturada, é possível criar regras para garantir coesão dos dados. Usando arquivos, sua própria aplicação teria que garantir isso. Mas o principal ganho nos SGBDs está nas linguagem de consulta e manipulação de dados. Buscas complexas, como todas as trasações entre duas entidades, numa determinada data, são bem mais complexas se realizadas pela própria aplicação, manipulando dados armazenados em arquivos direto no disco.

Portanto, em desenvolvimento de sistemas, recorremos a sistemas de arquivos para armazenar artefatos do sistema, como imagens, documentos e etc. Informações relacionadas a lógica da aplicação, normalmente ficam no banco de dados devido todos esses benefícios e muitos outros que não mencionei.