Cara instala o windows no hd de 1TB e deixa de 320GB para backups , e não precisa ter maneira correta de usar os dois hd e só vc instalar o windows no hd 1TB é configurar o boot na bios para dar boot no hd que tem o windows que o hd de 320GB fica como modo escravo para vc poder fazer os backups blz. :D

[Até +]

O ideal é que se instale o S.O. no HD de 320GB e deixe o de 1TB para os seus arquivos. Teoricamente, o S.O. fica menos lento em um HD de menor capacidade(não vou levar em conta fatores como velocidade de leitura/gravação, RPM e outros), pois ele vai possuir menos espaço para fragmentação. Outra vantagem é que pode fazer o backup completo do S.O. do HD de 320GB no de 1TB.

Melhor colocar o Windows no disco de 1TB, que é mais novo e certamente é mais rápido, pela cache maior e melhor software de controle e maior rotação.
Um disco de 320 MB é bem antigo e já deve estar próximo de dar defeito, melhor deixar ele como backup, que terá baixa utilização aumentando a vida útil.
Sugiro dividir o disco de 1TB em duas partições de 500GB, e colocar os dados na segunda partição, assim caso necessário re-instalar o windows na primeira partição os dados ficariam intactos na segunda partição.

Apesar de ja ter feito a configuração que o wesley sugeriu, eu prefiro deixar a de um tera para backup e 320 para o windows, mas gosto é gosto.