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Meu caro, HDs externos possuem partes móveis e giram quando ligados. Qdo removidos eles continuam rodando por alguns segundos, daí pode ser a causa do ruído.
Quanto ao desligamento, os pen-drives são mais sensíveis a remoção forçada e podem queimar, eu mesmo já tive um caso de queimar.
Os HDs geralmente pelo próprio windows gerenciando informa que não é necessário o desligamento antes da remoção.
Contudo, o assunto é controverso e há quem defenda desativar antes de remover. Eu não desativo e removo diretamente o meu.