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A principal vantagem de ligar as ventoinhas na placa mãe é a possibilidade de controlar a velocidades de rotação, as placas mãe atuais possibilitam um controle automático e dinâmico de acordo com as temperaturas, reduzindo as velocidades e até desligando as ventoinhas em dias frios.

Agora usando o Thermal Radar, programa da Asus que controla as ventoinhas e temperaturas, vejo que as 3 ventoinhas do gabinete estão em 600 RPM. Sem usar o programa as rotações pulam para 5000 rpm, fazendo um barulho bem alto. 

Estes controles vendidos separadamente, também ajudam a reduzir o ruido, porem o controle é manual e te obrigam a ficar monitorando as temperaturas para aumentar ou reduzir as velocidades das ventoinhas.

Tem a opção de ligar direto na fonte mas ai você não controla a rotação, tem um adaptador, mercadolivre você acha.