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USB Safeguard Portable pode te ajudar com isso.

USB Safeguard é um aplicativo portátil que protege o seu drive USB contra acesso de pessoas não autorizadas. Ele vai criptografar todo o seu conteúdo e protegê-lo com senha, impedindo que usuários maldosos cheguem a seus preciosos arquivos. O programa funciona somente no pendrive, ou seja, o seu dispositivo deverá estar conectado para que funcione corretamente.

Veja mais aqui: http://www.techtudo.com.br/tudo-sobre/usb-safeguard-portable.html

Pode fazer o Download também
por aqui: http://usbsafeguard.altervista.org/free/USBSafeguard74Free.exe

Att

veja aqui a dica

http://www.techtudo.com.br/dicas-e-tutoriais/noticia/2015/05/aprenda-criptografar-o-pen-drive-e-aumente-seguranca-de-seus-dados.html

a SanDisk tem modelis q vem um software para criptografar o conteudo do pendrive.

talvez outras tambem o tenha.

vc pode tambem utilizar software para este fim. com a opcao COFRE do antivirus AVG ou qq outro q tenha esta opcao.

ou qq outro software para windows com esta finalidade.

SO NAO VA ESQUECER A SENHA SENAO....

sorte