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O Android puro é aquele que não possui modificações feitas pela marca, como o TouchWiz da Samsung ou o Motoblur da Motorola.

Acho que os dois tem lado positivo e negativo.

O Android puro tem a vantagem das atualizações, mas tem empresas que fazem um bom trabalho nas modificações gerando um diferencial, a HTC (com o áudio beats), a Sony (áudio e video)e a Samsung. Acho que vai mais do gosto de cada um.

O Android puro é sem ser personalizado a Sony a Motorola e outras marcas gostam de mudar a aparência do Android,o Android puro e o personalizado é mesma coisa não tem desta de mais seguro ou não.

Opa! Só para complementar a resposta. Existe o site http://oqueehandroid.blogspot.com . Lá tem artigos para usuário iniciantes e avançados no Sistema Android. Tutoriais e muita explicação sobre o Android e características dele. Uma ótima leitura com certeza ;)

Fora o que foi citado abaixo o android puro é muitas(a maioria) vezes mais rapido que o personalizado, pois não vem com Apps que atrapalham seu desempenho

Android sem modificações das fabricantes atualmente é possível encontrar dispositivos com tais requisitos na linha Nexus da Google.

Tenho Android num Samsung , outro num Asus e outro num LG.
Não muda muito não ... é como comparar windows XP e windows 7 ... eles tem a cara diferente um do outro , mas no fundo é tudo Windows.
O mais importante é que os aplicativos Android funcionam em qualquer aparelho.

Android puro é o SO como veio ao mundo. Sem intervenção de interfaces e apps de uma determinada marca ou operadora. Essa alteração de interfaces é um meio de diferir a "cara" do Sistema utilizado pela Samsung, e pela Motorola, por exemplo. Mas só muda mesmo a interface, e alguns apps que as empresas adicionam, e que você não tem a opção de desinstalar, à não ser por meio de 'root'. A segurança, ou falta dela, continua a mesma.

Android "Puro" é o termo utilizado para aparelhos Android lançados com parceria de certas fabricantes com a Google para lançar um aparelho sem customização da fabricante (como Samsung : TouchWiz , Motorola : Motoblur , HTC : Sense) , por isso se chama Android puro , são todos os aparelhos da linha Nexus .
** Os nomes TouchWiz , Sense e Motoblur se referem ao nome das customizações das fabricantes .

o android puro é aquele, que é colocado em aparelhos como o da linha nexus, que o aparelho é feito especialmente para o android sem precisar fazer nenhuma alteraçao.