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Bom, eu consegui resolver meu problema reinstalando o Chrome e tirando todos as Extensões q estavam nele. (eu usava várias)
Agora tenho usado só o uBlock e não tive mais esse problema.
Não sei qual a relação, mas resolveu...

O problema que tive era que adicionava algum site nos favoritos de meu chrome no notebook e posteriormente ele sumia, então resolvi da seguinte forma:
Em configurações do CHROME (três pontinhos no topo direito da tela), acesse CONFIGURAÇÕES, nesta sessão que abrir selecione SERVIÇOS DO GOOGLE E DE SINCRONIZAÇÃO, na próxima sessão que vai abrir selecione GERENCIAR O QUE É SINCRONIZADO, ao invés de deixar sincronizado tudo, eu removi o FAVORITOS, pois tenho outros dispositivos celulares que também utilizo o CHROME, então deixei desabilitado esta opção em todos os dispositivos e notebook.

O mesmo acontece comigo, antes salvava os favoritos sem maiores problemas, agora ele cai direto em "favoritos gerenciados" e depois de algum tempo eles somem dali, ou seja, ja não consigo ter mais nenhum favorito novo no chrome só antigos, não sei o que fazer. Alguém tem alguma dica ai.

Exato, eu uso ele logado.
Aí q está o problema, q ele bagunça e na sequência atualiza na nuvem e não consigo desfazer.
Estou salvando um backup, mas claro q já perdi umas coisas.
No fórum do Google, sugeriram resetar todo o Chrome e desligar os aplicativos todos.
Fiz isso, agora vou tentar liga-los aos poucos p saber se é algum deles.
O problema q é aleatório, pode demorar dias p acontecer...

Isso mesmo que o @Myckey falou, toda a configuração do Chrome está associada ao usuário logado no Chrome, que é armazenada na Nuvem; Menus, senhas salvas, favoritos, extensões..
Sem um usuário logado a configuração pode ser perdida.

Eu uso o Chrome em dois computadores, quando uso o mesmo usuário, as alterações que faço na configuração do Chrome em um computador é espelhada no outro.
Se uso o Chrome pela primeira vez em um computador, ao logar minha conta toda configuração pode ser importada da Nuvem.

Suas pastas não estão duplicadas? Você tem uma alternativa de controlar os favoritos, extensões e demais configurações se estiver sincronizado, fazendo login no chrome e acessando o painel.