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O xperia U tem um processador melhor e mais espaço interno para guardar os aplicativos, porém não aceita expansão por cartão SD...

fonte: http://www.maiscelular.com.br/comparar/celulares/sony-xperia-u-st25-vs-sony-xperia-j-st26/27102

A diferença está, por incrível que pareça, no Processador Snapdragon.
O Xperia J está apto para atualização até o Android 4.1, já o Xperia U não. Ele até aceita o Android 4.0, mas existem diversos relatos de lentidão após atualização.
Eu também estava com esta dúvida, mas optei pelo J pela possibilidade de atualização.
Além de perceber o maior arrojo com que o J foi desenvolvido. Na mão percebe-se que ele é bem mais bonito e bem feito.

xperia u dual core 1ghz

xperia j 1ghz single core

xperia u 3,5 polegadas

xperia j 4 polegadas

xperia u 4gb para uso 8gb total sem expansao

xperia j 4gb para uso 4gb total e com expansao