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o iPhone não permite muita customização realmente.

O iPhone deixa vc customizar seu fundo de tela, tanto da area de aplicativos quanto da tela de bloqueio do telefone. Também é possível customizar seu toque para chamadas de voz, sendo permitido você criar o seu próprio toque no iTunes e exporta-lo para seu iPhone.

Também é possivel escolher o toque para mensagens de texto, alterar o tamanho da fonte utilizada para uma melhor legibilidade.

Você pode escolher como os aplicativos exibem suas notificações na tela, se emitem sinal de som, se vibram, se aparecem na tela de bloqueio e etc.
Existem muitos aplicativos que tem a sua propria área de customização, que pode ser encontrada no proprio aplicativo ou na área de Ajustes do iPhone.

editado pela modedação

olha só no link: http://iphone4maniacos.blogspot.com/search/label/Personaliza%C3%A7%C3%A3o

Sem o cydia não dá pra fazer muita coisa
com o cydia eu fiz:
-minimizei o relógio na tela bloqueada para dar espaço para o wallpaper
-sbsettings para atalhos rápidos para funcionalidades de bluetooth, 3G, wi-fi, etc
-texto personalizado no nome da operadora
-espalhar os icones igual o android, tirar o alinhamento automático no canto superior esquerdo
-aumentar o numero de aplicativos por pasta, agora em vez de 9 cabem quantos quiser
-trocar todos os icones nativos por personalizados
-adicionar um 5ª app por linha
-Usar o facetime por 3G
-Usar o Wifi em aparelhos que não sejam notebooks (consoles por exemplo)
-Colocar senha em qualquer aplicativo
-Adicionar músicas reais ao toque - o meu é Smells Like Teen spirit do Nirvana

quanto ao papel de parede você pode baixar o app grátis Retina Wallpapers HD

Tirando fontes de papéis de parede como aplicativos, acho que só desbloqueando mesmo. Aliás, quando desbloqueei o meu, foi ridículo. O mais divertido de tudo era ver os botões diferente com transparência.