Instalando os pacotes
Para instalar os pacotes necessários, todas as ações devem ser executadas como root. Para instalação basta instalar os pacotes diretamente do repositório do Fedora, através do comando: 

yum install -y samba samba-client samba-common samba-winbind smbldap-tools fedora-ds openssl mod_ssl openldap openldap-clients openldap-servers openldap-devel

Para o Red Hat (como não tem todos os pacotes no repositório padrão) tem que adicionar o repositório epel, então basta fazer: 

rpm -Uvhhttp://download.fedora.redhat.com/pub/epel/5/i386/epel-release-5-3.noarch.rpm

yum install -y samba samba-client samba-common samba-winbind smbldap-tools redhat-ds openssl mod_ssl openldap openldap-clients openldap-servers openldap-devel

Após isto todos os pacotes necessários estarão instalados.
Configurando o Fedora-DS
Agora que já temos todos os pacotes instalados, precisamos fazer primeiro a configuração do LDAP. Começamos com o seguinte comando, que irá criar a base para nós e a interface para o fedora-idm-console: 

setup-ds-admin.pl

Would you like to continue with set up? [yes]: yes
Do you agree to the license terms? [no]: yes
(Devido as configurações necessárias, talvez deverão ser mexidos alguns parâmetros do kernel. O script especificará quais parâmetros se deve mexer)
Would you like to continue? [no]: yes
Choose a setup type [2]: 3
Computer name []: server.exemplo.com.br (aqui coloque o nome da sua máquina que está em /etc/hosts ou /etc/sysconfig/network)
System User [nobody]: ldap
System Group [nobody]: ldap
Do you want to register this software with an existing configuration directory server? [yes]: no
administrator ID [admin]: (neste campo deixa o padrão, apenas dê enter)
Password: (digite uma senha)
Password (confirm): (repita a senha)
Administration Domain [exemplo.com.br]: exemplo.com.br (aqui neste caso, estou usando o domínio exemplo.com.br que ficará dc=exemplo,dc=com,dc=br)
Directory server network port [389]: 389
Directory server identifier [server]: exemplo (aqui você coloca o nome da instância, pode ser qualquer nome que seja de fácil associação, eu botarei "exemplo")
Suffix [dc=exemplo, dc=com, dc=br]: (neste campo deixa o padrão, apenas dê enter)
Directory Manager DN [cn=Directory Manager]: (neste campo deixa o padrão, apenas dê enter)
Password: (digite uma senha com no mínimo 8 dígitos)
Password (confirm): (repita a senha)
Do you want to install the sample entries? [no]: (neste campo deixa o padrão, apenas dê enter)
Type the full path and filename, the word suggest, or the word none [suggest]: none
Administration port [9830]: 3890
IP address [0.0.0.0]: (deixe assim, caso tenha mais de um IP que deseja que seja ouvido a porta 389, senão especifique um IP)
Run Administration Server as [ldap]: (neste campo deixa o padrão, apenas dê enter)
Are you ready to set up your servers? [yes]:
Creating directory server . . .
Your new DS instance 'exemplo' was successfully created.
Creating the configuration directory server . . .
Beginning Admin Server creation . . .
Creating Admin Server files and directories . . .
Updating adm.conf . . .
Updating admpw . . .
Registering admin server with the configuration directory server . . .
Updating adm.conf with information from configuration directory server . . .
Updating the configuration for the httpd engine . . .
Starting admin server . . .
The admin server was successfully started.
Admin server was successfully created, configured, and started.
Exiting . . .
Log file is '/tmp/setupTSWCSn.log' 

Pronto, agora sua base foi configurada e os serviços já iniciados. 

Agora vamos fazer algumas configurações na base: 

Isto tem que ser feito através de interface gráfica, então conecte no servidor Linux com o parâmetro -X no ssh ou se tiver na console da máquina, inicie o X através do "startx" ou "init 5". 

Vá ao terminal e execute o comando: 

fedora-idm-console (lembrando, para utilizar esta interface é necessário que o Java esteja instalado corretamente)

Na janela a seguir coloque como está na figura abaixo e ponha a senha do Directory Manager para efetuar o login.

Agora vamos alterar a configuração de criptografia da senha, na autenticação dos usuários LDAP (recomendo trocar, pois algumas ferramentas como GOsa², Horde e eGroupware não tem a criptografia padrão do Fedora-DS). 

Após a realização do login, expanda onde está escrito Server Group, depois clique em Directory Server e depois clique no botão Open no canto direito superior.

Após ter clicado no botão Open, outra janela foi mostrada. Clique na aba Configuration acima e em seguida clique em Data no menu à esquerda. No lado direito desça a barra de rolagem até o final e em Password encryptation troque para Unix crypt algorithm (CRYPT), como mostra na figura abaixo:

Clique no botão Save e agora está ok. Verifique se o Fedora-DS não pedirá para reiniciar o serviço, se pedir faça: 

/etc/init.d/dirsrv restart

ou

service dirsrv restart

Vamos configurar também para que o serviço inicie automaticamente após um reboot ou shutdown, evitando problemas futuros: 

chkconfig --level 345 dirsrv on

Pronto, sua base LDAP já está ok, o próximo passo é integrar com o Samba para podermos autenticar os Windows nesta base. 

Instalando o Samba
Como comentei a pouco, o Samba é dividido em dois módulos. O servidor propriamente dito e o cliente, que permite acessar compartilhamentos em outras máquinas (tanto Linux quanto Windows). Os dois são independentes, permitindo que você mantenha apenas o cliente instalado num desktop e instale o servidor apenas nas máquinas que realmente forem compartilhar arquivos. Isso permite melhorar a segurança da rede de uma forma geral.
Os pacotes do Samba recebem nomes um pouco diferentes nas distribuições derivadas do Debian (incluindo o Ubuntu, Kubuntu e outras) e no Fedora (e outras distribuições derivadas do Red Hat, como o CentOS). Veja:
Pacote Debian Fedora

Servidor: samba samba
Cliente: smbclient samba-client
Documentação samba-doc samba-doc
Swat: swat samba-swat
Para instalá-lo no Debian ou Ubuntu, por exemplo, você usaria:

apt-get install samba smbclient swat samba-doc

O script de instalação faz duas perguntas. A primeira é se o servidor deve rodar em modo daemon ou sob o inetd. Responda "daemons" para que o servidor rode diretamente. Isso garante um melhor desempenho, melhor segurança e evita problemas diversos de configuração relacionados ao uso do inetd, serviço que está entrando em desuso.
Em seguida ele pergunta: "Gerar a base de dados para senhas /var/lib/samba/passdb.tdb?". É importante responder que "Sim", para que ele crie o arquivo onde serão armazenadas as senhas de acesso. Como explica o script, "Caso você não o crie, você terá que reconfigurar o samba (e provavelmente suas máquinas clientes) para utilização de senhas em texto puro", o que é um procedimento trabalhoso, que consiste em modificar chaves de registro em todas as máquinas Windows da rede e modificar a configuração de outros servidores Linux. Muito mais fácil responder "Sim" e deixar que ele utilize senhas encriptadas, que é o padrão. :)
Lembre-se de que você deve instalar todos os pacotes apenas no servidor e em outras máquinas que forem compartilhar arquivos. O Swat pode ajudar bastante na etapa de configuração, mas ele é opcional, pois você pode tanto editar manualmente o arquivo smb.conf, quanto usar um arquivo pronto, gerado em outra instalação. Nos clientes que forem apenas acessar compartilhamentos de outras máquinas, instale apenas o cliente.
No Fedora e no CentOS a instalação é feita usando o yum:

yum install samba samba-client samba-doc samba-swat

O Fedora inclui mais um pacote, o "system-config-samba", um utilitário de configuração rápida, que permite criar e desativar compartilhamentos de forma bem prática. Outro configurador rápido é o módulo "Internet & Rede > Samba", disponível no Painel de Controle do KDE. Aqui abordo apenas a configuração manual e o uso do Swat, que é o configurador mais completo, mas você pode lançar mão destes dois utilitários para realizar configurações rápidas.
Com os pacotes instalados, use os comandos:

/etc/init.d/samba start

/etc/init.d/samba stop

... para iniciar e parar o serviço. Por padrão, ao instalar o pacote é criado um link na pasta "/etc/rc5.d", que ativa o servidor automaticamente durante o boot. Para desativar a inicialização automática, use o comando:

update-rc.d -f samba remove

Pata reativá-lo mais tarde, use:

update-rc.d -f samba defaults

No Fedora, CentOS e no Mandriva, os comandos para iniciar e parar o serviço são:

service smb start

service smb stop

Para desabilitar o carregamento durante o boot, use o "chkconfig smb off" e, para reativar, use o "chkconfig smb on". Note que, em ambos, o pacote de instalação se chama "samba", mas o serviço de sistema chama-se apenas "smb".
É sempre recomendável utilizar os pacotes que fazem parte da distribuição, que são compilados e otimizados para o sistema e recebem atualizações de segurança regularmente. De qualquer forma, você pode encontrar também alguns pacotes compilados por colaboradores no http://samba.org/samba/ftp/Binary_Packages/, além do código fonte, disponível nohttp://samba.org/samba/ftp/stable/. Ao instalar a partir do código fonte, o Samba é instalado por default na pasta "/usr/local/samba", com os arquivos de configuração na pasta "/usr/local/samba/lib".
Este texto é baseado no Samba 3 que, enquanto escrevo, é a versão estável, recomendada para ambientes de produção. O Samba 3 trouxe suporte ao Active Directory, passou a ser capaz de atuar como PDC, trouxe muitas melhorias no suporte a impressão e inúmeras outras melhorias em relação à série 2.x.
O Samba 3.0.0 foi lançado em setembro de 2003, ou seja, há mais de 4 anos. Comparado com os ciclos de desenvolvimento das distribuições Linux, que são em sua maioria atualizadas a cada 6 ou 12 meses, 4 anos podem parecer muita coisa, mas se compararmos com os ciclos de desenvolvimento de novas versões do Windows, por exemplo, os ciclos parecem até curtos :). Para efeito de comparação, o Samba 2 (o major release anterior) foi lançado em 1999 e o Samba 4 está (em junho de 2008) em estágio de desenvolvimento, ainda sem previsão de conclusão.
Por ser um software utilizado em ambientes de produção, novas versões do Samba são exaustivamente testadas antes de serem consideradas estáveis e serem oficialmente lançadas. Graças a isso, é muito raro o aparecimento de bugs graves e, quando acontecem, eles costumam ser corrigidos muito rapidamente.
Naturalmente, as versões de produção continuam sendo atualizadas e recebendo novos recursos. Entre o Samba 3.0.0 lançado em 2003 e o Samba 3.0.24 incluído no Debian Etch, por exemplo, foram lançadas nada menos do que 28 minor releases intermediários. Se tiver curiosidade em ler sobre as alterações em cada versão, pode ler o change-log de cada versão no: http://samba.org/samba/history/.
Você pode verificar qual é a versão do Samba instalada usando o comando "smbd -V", como em:

smbd -V

Version 3.0.24
Ao usar qualquer distribuição atual, muito provavelmente você encontrará o Samba 3.0.23 ou superior. Se por acaso você estiver usando alguma distribuição muito antiga, que ainda utilize uma versão do Samba anterior à 3.0.0, recomendo que atualize o sistema, já que muitos dos recursos que cito ao longo do texto, sobretudo o uso do Samba como PDC, não funcionam nas versões da série 2.x.
Para usar o Samba em conjunto com estações rodando o Windows Vista, você deve utilizar o Samba versão 3.0.22, ou superior, que oferece suporte ao protocolo NTLMv2, que é o protocolo de autenticação utilizado por padrão pelo Windows Vista.
Se não for possível atualizar o Samba, a segunda opção é configurar as estações com o Vista para permitirem o uso do sistema NTLM, o que é feito através do utilitário "secpol.msc" em "Diretivas locais > Opções de segurança > Segurança de rede: nível de autenticação Lan Manager", alterando o valor da opção de "Enviar somente resposta NTLMv2" para "Enviar LM e NTLM - use a segurança da sessão NTLMv2, se negociado".