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Amigo quando você tenta reparar pelos CD do Windows e não consegue dificilmente seu sistema vai voltar a funcionar em perfeitas condições após outro processo alternativo. A melhor opção na maioria dos casos é fazer o backup de tudo e fazer uma formatação.

Se for um servidor ai realmente formatar não é a melhor opção, então neste caso é necessário ajuda de um profissional mesmo.

Tem algum comando do console de recuperação q recupere ou restaure qualquer chave deletada do windows e que restaure tbm todos os arquivos do windows?

Se seu micro tá travando ao clicar em reparar ou depois de um chkdsk, já era, ou vc formata e instala do zero ou reinstala o windows, sendo que nas 2 opções voce terá que reiniciar;

Essa forma de opção R: Reparar não funciona comigo pois trava na tela de aguarde, tem q ser outra forma q repare todo o sistema e todo o registro sem deletar nenhum arquivo meu ou programa, tirando essa forma do R de Reparar qual é a outra forma com a reparação mais completa e q repare o registro?

Uma forma bem prática de reparar seu Windows XP:

Inicie o computador para dar Boot no CDRom com o cd do Windows XP dentro;
Na tela ‘Bem-vindo ao Programa de Instalação’, use a opção R=Reparar;

No console de recuperação digite o numero da instalação (Ex.: 1:c:windows), digite o numero 1;
Digite a senha do Administrador se houver, caso contrario aperte enter;
No prompt c:windows> digite cd .. e aperte enter;
Digite chkdsk /p /r ou chkdsk /? caso precise de ajuda;
No termino da verificação retire o Cd do Windows XP e digite exit, o computador ira reiniciar.

O reinício é necessário pois como você está reparando os arquivos é necessário reinicializar para que ele substitua os arquivos com erro pelos originais do cd.
Boa sorte e abras!