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Mhz assim como o Ghz são frenquentemente utilizados para indicar a velocidade de um processador. 

Hertz equivale a um ciclo por segundo, em números 1600Mhz equivale a 1.6Ghz que são 1.600.000.000 hertz ou ciclos por segundo. Teoricamente quanto mais Ghz/Mhz mais rápido se torna os processos. 

Fonte: http://pt.wikipedia.org/wiki/Hertz

Como voce pode imaginar a diferença delas é a freqüência, conseqüentemente a velocidade delas =D